Para meter los módulos dentro de doc hay que hacer un

sphinx-apidoc -o docs/source/ quapy/ -P

Eso importa todo lo que haya en quapy/ (incluidos los ficheros _ gracias a -P) en source y crea un rst para cada uno.

Parece que lo del -P no funciona. Hay que meterlos a mano en quapy.method.rst

Luego, simplemente
make html